Este serviço é responsável pelos pagamentos e recebimentos do Instituto e suas respetivas prestações de contas, tendo a seu cargo as seguintes tarefas:

a) Contar, registar e depositar as receitas arrecadadas pelos Serviços;
b) Registo dos pagamentos autorizados e comunicação dos mesmos aos respetivos beneficiários;
c) Devolução, ao Serviço de Contabilidade da documentação respeitante aos pagamentos efetuados ou receitas cobradas;
d) Controlo dos fundos de maneio e processamento de adiantamentos autorizados e controlo dos mesmos;
e) Registo atualizado da escrita da Tesouraria;
f) Organização e arquivo da informação própria do serviço.